A pajzsmirigy mivel hormont termel, így betegségek lehetségesek. Ha kevés hormont termel, alul működés betegségről beszélünk. Ha túl sok hormont termel, túlműködésről beszélünk. Az alul működés, sajnos nem gyógyítható, a beteg élete végéig hormon kezelésre szorul. Az alul működés jelei, tünetei: csecsemőkorban az elhúzódó sárgaság erre utal, ez idegrendszeri megbetegedést is jelenthet. Későbbi kórban a tünetek: kezdeti tüneteknek tudják be a fáradékonyság, izomgyengeség jeleit. Hízás jön létre általában.
A pajzsmirigy alul működés a pajzsmirigy krónikus gyulladásnak is következménye lehet. Amúgy, az alul működés ritkább betegség, mint a túlműködés. A túlműködés tünetei: mivel minden szervet érint a pajzsmirigy működése, így sokoldalú, és összetett tünetek lehetnek. A szapora szívműködés, gyors anyagcsere, szemdülledés, fáradtság, levertség, hangulat változások, idegrendszeri tünetek is lehetnek.
A túlműködés, ellentétben az alul működéssel, fogyással jár. Ez betudható a felgyorsult anyagcserének. Ezt a betegséget hamarabb felismerik mint az alul működést, mert a tünetek intenzívek. Így hamar elkezdődhet a gyógyszer kúra, és szerv betegségek nem lépnek még fel. Mint pl: a szapora szívverésnél, béta blokkolót adnak a betegnek amíg nem gyógyul meg. Így nem károsodik a szíve! Túlműködés betegség a Basedow kór. Amely végleg nem gyógyítható. Időszakonként előjön majd az élet során. A pajzsmirigy túlműködést sok esetben összekapcsolják a glutén érzékenység kialakulásával. A Basedow kór, és a Glutén érzékenység már az autoimmun betegségek csoportjába tartozik.